顺治元年（1644年），清军陷京城，崇祯皇帝殉明朝于煤山，明朝中央政权灭亡，南明弘光、隆武、永历相继而立，不少遗民士子投身于南明政权与清军作最后的抗争。广东远在南陲，当北方和江南相继被清军攻陷时，广东各地的地方政府固守一方，静观事变，在风雨飘摇的时局中，地方官已难以控制一方，时势已乱，地方倔强趁机而起。
顺治三年（1646年），受命于清朝的两广总督佟养甲、提督军门李成栋奉命由福建进取广东。清军经惠州、博罗进广州。十二月，清军到达惠州，惠州府县二城被清军攻陷。清军的“征剿”肆意杀戮，所过之地无辜百姓死伤无算，博罗城更是“十不存一”。逃难百姓流离失所，田地荒芜，“归善有食人者”。据顺治九年(1652年)编审统计，因死于兵乱、饥疫而毙、逃难等因素，里排编户由原三十七里减少到二十四里，也就是按每里一百一十户计，原里排编户有4070户，战后只剩2640户。从这组数字可见战后人口减少的基本状况。但这仅仅是归善县所属里排编户的户口数字，惠州府其他县及府城没有记录在内。
悲惨的是，灾难仍未结束。战后，百姓的生齿田业仍未恢复，却又要惨受“迁海”的灾难。顺治十七年（1660年），清政府为了防止踞台湾的郑氏政权从海上与沿海人民联合抗清，意图阻断大陆与台湾的人员与物资联系，从而彻底消灭抗清势力，实行了大规模迁徙海边居民的政策，即“迁海”。在此之前实施的海禁，福建沿海部分地区已经采取了迁徙居民入内地的措施。顺治十八年（1661年），清政府派出官员到各省去立界，构筑墙垣，发兵戍守，划定迁海的范围，北起河北，经山东、江苏、浙江，南至福建、广东。勘定边界的距离在30到50里。边界确定之后，限期迁走，过期则派兵驱赶，迁离后有敢越出划界者杀无赦。迁界其实是一种人类野蛮的行径，它没有预先安置迁徙居民的目的地，在几天内强行驱赶居民离开世代赖以生存的土地和祖业，界外所有房屋、船只焚毁，几千里沿海地被划为无人区，流民如潮，流离失所，百姓挣扎在死亡线上。有关于这段历史的所有记述，清政府刻意隐瞒，经过乾隆朝文字狱的清剿，在“康乾盛世”虚名的掩盖下，留下记录当时状况的文字寥寥无几。
