入清后，宋明理学在广东衰落，对惠州的学术文化影响再大。自明末清初惠州官宦韩日缵之子函可、黎绍爵之子行森、叶梦熊之孙释元桴等文化精英相继逃禅出家，成为名扬中土的高僧外，象明代“湖上五先生”级的人物再也没有出现一个。尽管嘉庆年间阮元督粤，致力推进广东学术文化发展；惠州知府伊秉绶在黄塘重建丰湖书院，聘请宋湘主讲丰湖；国内著名学者屈大均、陈恭尹、梁佩兰、李文澡、李调元、戴熙、陈澧、谭莹、黄遵宪、梁鼎芬等先后来惠州进行学术交流、掀起一股以吟咏西湖景物为主要内容的“湖上文化”高潮等，但惠州的学术文化还是没有出现什么大的成果，有贡献、有影响力的学者一个也没有出现。
对比之下，粤中的情况大不一样。在此期间，粤中先后湧现出一大批著名学者，其中全国一流的学者有曾钊、陈澧、李文田、侯康、吴荣光、谭莹，及后来的邹伯奇、梁鼎芬、康有为、梁启超等，人数之众多、造诣之精深、著述之丰富，在广东学术史文化上实属罕见。
而在惠州，特别是归善县，读书人在此期间也几乎不争气，能进士及第的寥寥无几，咸丰、同治二朝甚至与进士无缘，与明代相差甚远。光绪十一年张之洞督粤，也象阮元一样致力推动广东学术文化的发展，聘请著名学者梁鼎芬前往惠州，讲学丰湖。在梁鼎芬的热心教育和道德文章促进下，他的高足弟子李绮青、江逢辰终于在光绪十六年和十八年先后及第。李绮青和江逢辰进士及第后，本应大有作为，重振惠州学术文化雄风，但遗憾的是他们初时热心仕途；后来仕途失意，抱负不能施展，唯有结伴狂醉西湖，慷慨悲歌。最后被梁鼎芬称为“行尽江山见此才”的江逢辰回家当了孝子；而才华横溢、在清末民初被誉为“词坛射雕手”的李绮青也迫于无奈，只好在北京替人题写挽联来施展自己骈体文的才华。由于历史上的原因，他们除了留下一些诗文外，对振兴惠州学术文化所起的作用不大。
明代广东理学盛行时，粤中的白沙之学和粤东的阳明之学各占半壁江山。粤中的理学大师有陈白沙、湛若水；粤东的理学大师有薛侃、杨起元，他们旗鼓相当，难分伯仲。但入清后，惠州学术文化与粤中对比形成如此大的反差，考其原因，主要有如下几个方面：
一．文网森严。清朝以异族身份入主中原后，为了泯灭汉族人民排外反抗情绪，严励钳制汉族士大夫的学术自由，以维护和巩固新皇朝的统治。至雍正、乾隆年间又屡兴文字狱，诛杀甚多，株连甚众。当然，这种情况是全国性的，不独广东和惠州。但在康熙年间重开博学鸿儒科，确立程宋学派为正统，“非朱子之传义不敢言，非朱子之家礼不敢行”（清．朱彝尊《道传录序》），而对王阳明心学和其它学派，一律视为“异端邪说”给予压制。惠州是王阳明心学盛行的地方，学根深固，积重难返，故康熙帝罢黜百家，独尊程朱，惠州不可避免成为入清后“文网森严”的重灾区。如在杨起元的著作中，因有“变乱先儒，流毒且及经义”的内容，《四库全书》编纂官既肯定他在学术中的地位，又对他的著作存有戒心，收编他的四部著作时，仅作存目，没有一部著录。
二．兵燹之灾。明皇朝中央政权崩溃后，清顺治三年，故明桂王朱由榔在肇庆监国，改号“永历”，史称南明，与南下的清兵抗衡。其时清兵由福建进入广东，惠州是南明和清兵争夺的重要对象，几易其主，成为明、清两大军事力量拉锯战的主战埸；东莞人张家玉和博罗人韩如璜投靠南明，举兵反清，鏖战惠州，先后罹难，就是发生在那个时候。顺治十八年，郑成功在东南沿海反清，以台湾为东都，“招漳、泉、惠、潮四府民闢草莱与屯聚，令诸将移家实之”（《清史稿．郑成功传》）；清廷为了截断郑成功军隊粮草武器来源，阻止漳、泉、惠、潮四府居民投奔郑成功，遂加强海禁和发出“迁界令”，命令广东沿海东起饶平，西迄钦州的沿海居民内迁五十里，界外不准居住、不准耕种、不准捕鱼，违禁者格杀勿论；由于惠州海岸线较长，人民流离失所，惨不忍睹。屈大均曾在《广东新语．迁海》一文中叹曰：“自有粤东以来，生灵之祸，莫惨于此！”。康熙十三年，镇广东的平南王尚可喜和镇福建的靖南王耿继茂，先后依附平西王吴三桂叛清（史称“三藩之乱”），在广、惠、潮一带攻城略地；接着郑成功的儿子郑经又乘机在台湾出兵，攻陷潮、惠两州，吴三桂命尚之信（尚可喜的儿子）割惠州与郑经结盟等。这些“兵燹之灾”为害惠州长达三十余年，对惠州的经济及文化破坏，更甚于粤中其它地区。正如清康熙年间王煐来惠州任知府时所曰：“及抵郡，湖山无恙，而古迹名胜则鲜有存者，盖干戈之息未久也。诵读之士，往往散处山谷乡落之中；索居离群，闻见寡眇。”在惠州知府王煐的笔下，那时惠州的文化教育一片凋零。
三．少所师承。粤中自陈白沙、湛若水之后，还有新会人胡方，南海人冯经、冯承修等承接白沙遗绪，讲学不辍。特别是湛若水，他很长寿，活到九十五岁，有学生三千九百余人，比孔夫子“弟子三千”还要多，故能师承不断。尽管入清后受到“文网森严”的限制，但暗地里白沙之学还是师承不断，直到清末光绪年间，南海康有为讲学广州万木草堂时，还开讲白沙之学课程。而惠州的“盛世文宗”杨起元却不幸早逝（卒年仅五十三岁），身后凋零。虽然他的弟子、归善人陈运，及后来的骆鸣雷等继续在湖上讲学，但已是阳明之学末流；至骆鸣雷的高足弟子龚章（归善人）于康熙十二年进士及第后，阳明之学已在惠州消声匿跡，无师可承了。
四．经济落后。 惠州的地形主要是丘陵地带，与珠江三角洲对比，经济发展较为落后。但文化发展与经济发展是相辅成的，特别是入清后朝廷用兴办书院取代民间讲学，而书院的兴办又主要赖于地方官、商资助。据《惠州府志》记载，嘉靖二十四年罗含章出任惠州知府，为筹办书院经费，自己帶头捐出白银四百两，在他带动下，上下一致响应，共筹得白银一万四千余两。这笔银子在当时来说，数目已经不少，但与粤中对比，却相差甚远。据《南海县志》记载，该县有一位富商名叫伍秉鉴，他先在嘉庆年间与其他几个富商捐银数千，道光初又一人独捐十万，致使粤督阮元亲自撰碑文记其事。又据《广东通志记》记载道光年间广东各府书院数字，前四名分别是：广州府五十五所居第一；潮州府十九所居第二；肇庆府十七所居第三；惠州府十四所居第四。也就是说，潮州、惠州、肇庆三府书院相加合计，还没有广州府多。而书院的多寡，又是衡量该地方学术文化是否兴旺发达的重要标志。因此入清后惠州学术文化一趋不展，没有象粤中那样在嘉、道年间出现中兴，经济落后也是一个重要原因。
